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1 |
3例小鼠脑组织时空转录组+9例单细胞核转录组+24例16S rDNA72例非靶代谢多组学测序服务项目 |
1.00 |
个 |
非靶：Triple TOF 6600+质谱仪（AB SCIEX）；10x：10X GENOMICS标记，测序illumina xplus，空转：STOmics®，测序BGI T10, 16srDNA：v3-v4，novaseq6000 |
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否 |
技术参数要求
(一)服务内容：
时空转录组：研究涉及的物种为小鼠脑组织；完成 1 份样品组织样本优化；完成 3 份小鼠脑组织样品高分辨率STOmics空间转录组测序，芯片大小1*2cm，每份样本产生 2 Gpair-end reads，并完成相应的信息分析。
单细胞核转录组：完成 9 个小鼠细胞核样品10X genomics单细胞转录组3'-V3测序，每批次上机 9 个样品，每个样本产生_100_G数据，并完成相应的信息分析。
16s：完成 24例小鼠肠道内容物样品的16s rDNA测序，平均每个样品产出 50000 条Tags，并进行相应的标准/高级信息分析。
非靶代谢：完成 72 个小鼠样品非靶向代谢组检测，并完成相应的信息分析。
(二)技术要求：
1）10×Genomics单细胞核转录组测序技术要求
1.10X genomics单细胞标记、建库、测序和数据质量均有相应的质控标准；
2.投标人能够提供标准的样本准备方法，参照方法进行组织处理和保存。提供脑组织样本的细胞核悬液制备服务；投标人需提供具体的操作流程，及细胞核悬液的显微镜照片和荧光计数仪的检测结果；
3.高通量测序平台采用illumina测序平台，测序读长为150bp pairend，单个样品的测序数据量不低于100G，Q30＞80%；
4.提供基础的全面的流程分析以外，还提供个性化分析：对细胞进行聚类分群，根据细胞类型注释软件结合已知marker基因进行亚群细胞类型注释，并对特定细胞亚群进行功能注释（分组GSEA功能注释分析、亚群差异基因功能富集分析），使用GSVA比较不同组间相同细胞类型差异通路，对亚群进行细胞轨迹分析，构建细胞演化图谱，细胞间通讯分析（至少2种方法），SCENIC转录因子分析等；可以根据项目分析要求开发或测试新的分析方法。
5.开发有单细胞转录组分析云平台，云平台可分析内容包括细胞过滤、细胞注释、分群分析、组间差异基因分析、拟时分析（至少4个软件），细胞通讯分析（至少2个软件）、转录因子分析和基因集评分分析，并提供平台的相关证明。
2）Stereo seq时空转录组测序技术要求
1.每个芯片大小为 1cm*2cm，检测分辨率不低于 500nm（即两个捕获探针中心之间的距离不大于 500nm），每个样本数据量：不低于2G raw data；
2.同时具备针对新鲜组织样本和冰冻包埋样本的空间转录组实验平台，包括冷冻切片机（Leica），荧光倒置显微镜（Leica），2100/4200 生物分析仪（agilent）（提供相关证明材料）。
3.投标人能够提供标准的脑组织样本准备方法包括最佳的透化条件（根据所做脑的空间转录组项目经验），参照方法进行脑组织处理和保存。提供小鼠脑组织样本的冷冻包埋制备服务；投标人需提供具体的操作流程，及组织切片HE染色照片与组织优化后的荧光照片。
4.根据Spot聚类得到的cluster进行细胞类型注释，并对特定细胞亚群进行功能注释（分组GSEA功能注释分析、亚群差异基因功能富集分析），特定细胞类型拟时序分化分析以及分化过程功能注释，细胞间通讯分析，SCENIC转录因子分析，RNA速率分析等。提供基础的全面的流程分析以外，还提供个性化分析，可以根据项目分析要求开发或测试新的分析方法。
5.开发有空间转录组分析云平台，可供客户实时交互式分析、使用在线报告进行数据分析、数据筛选、绘图等，并提供平台的相关证明。
6.开发有单细胞+空间转录组关联分析报告，可以做RCTD、cell2location、stereoscope、MIA、Music关联分析。
3）16s和非靶代谢组测序技术要求
1.开发有微生物多样性分析云平台，可供客户实时交互式分析：物种组成分析、指示物种分析、alpha多样性、beta多样性分析、功能分析、环境因子分析等，并提供平台的相关证明；
2.代谢组分析在线云平台，可以在线构建分组方案、分析样本关系、多元统计分析、差异分析、MSEA分析等；
3.开发有16S-代谢组关联平台，可动态构建关联O2PLS分析模型和相关性分析；
4.开发有单细胞+常规代谢组关联报告和16S-代谢组关联报告，分析细胞代谢相似性、构建O2PLS 模型等。
4）其他要求：
1.数据存储时间：120个工作日，在项目结束后（即数据交付后）存储时间不少于3月时间，测序数据及基础、高级分析数据采用硬盘交付，后续生信数据云端或网络交付。
2.生信分析学习：为本项目课题组成员提供生物信息学培训名额，提供培训视频课程及出版的生物信息学书籍。
3.可以根据课题组需求，提供优质的售后服务，并及时响应和解决整个项目过程出现的问题（包括协助指导实验或上门解决生信分析问题和需求等），同时提供测序数据的解读。
4.发文情况：供应商均具有相关测序和生物信息服务资质、发表过单细胞测序、空间转录组测序、微生物和代谢组测序高影响因子文章（其中IF≥15至少5篇）。
5.人员配置情况：项目负责人须为专业技术人员具有研究生及以上学历，实验人员和信息分析人员应有专业技术知识培训及较丰富的业务工作经验。
6.质量控制：整体项目实验和标准数据分析按SOP文件进行样本质控、文库质控和数据质控，提供各步骤质控报告，质控和分析结果沟通24小时实时响应。 |
